而这个时候，黎元洪想要笼络护国军以牵制段祺瑞，于是致电护国军名将蔡锷的老师梁启超，先用“泰山北斗，景仰为劳”拍了一通马屁，又“欲以本府秘书长相屈，既无嫌乎夺情，且可资乎论道”。但梁启超是聪明人，随即婉言谢绝。但黎元洪与梁启超两人的通电往来，毕竟没有逃过段祺瑞的视线，他不得不加快解决护国军这件最棘手的事。
彼时护国军势力发展最快的当数云南、四川和广东，云南是护国军的老巢，蔡锷、唐继尧等经营多年，树大根深，难以根除。蔡锷虽然任四川督军兼省长但并没有完全掌控四川，北洋系的曹锟当时驻军在四川，刘存厚与北京政府也是眉来眼去，所以四川的形势更为乐观。而当时最混乱的要数广东，广东督军龙济光在袁世凯逝世前也宣布独立，不过他的独立是被迫的，因为他的邻居广西都督陆荣廷宣布独立了，而护国军的李烈钧又到了家门口，他只能选择独立以自保。
于是北京政府委任龙济光兼任广东巡按使，指使他阻击护国军。在得到北洋政府的支持以后，龙济光随即让驻扎在龙州的嫡系部队以坚壁清野的方式对抗李烈钧部，甚至在城楼上炮击滇军，并密电请求段祺瑞调派北洋军分三路入广东增援。但让龙济光想不到的是，护国军截获了这份电报，代理抚军长随即通电揭晓，李烈钧随即攻克韶州，又击败了龙济光派来的援军。同时，桂军将领莫荣新由西路攻入三水，龙济光被迫困守广州。龙济光再三邀援，段祺瑞急忙电令江西督军李纯开赴赣南，福建督军李厚基开赴闽南，萨镇冰率领海军开赴广州。但是，李纯和李厚基都对广东不怎么感兴趣，对段祺瑞的命令也是阳奉阴违，所以龙济光左等右等，就是没有等到北京政府的援兵。