但孙宝琦内阁存在的时间并不长，因为“拥曹派”均以辅助总统选举的功臣自居，在国会中动辄便指手画脚，与内阁更是经常发生冲突。加上孙宝琦与财政总长王克敏就德款案发生冲突。而曹锟又袒护王克敏，孙宝琦遂避居北京郊外承泽园，不出席国务会议，坚决辞职，以外交总长顾维钧代理。因为不堪忍受“拥曹派”的嚣张气焰，孙宝琦内阁于7月1日提出总辞职。2日，曹锟予以批准，但留下顾维钧依然担任外交总长，并兼代国务总理。顾维钧是江苏嘉定（今属上海）人，毕业于上海圣约翰书院，留学美国哥伦比亚大学，获得法学博士，回国后受到北洋元老唐绍仪的赏识。1919年1月，顾维钧代表中国出席巴黎和会，语惊四座，风光无限，被时任和会主席的法国总理克列孟梭赞喻为“中国小猫”。
就在曹锟忙于贿选总统之际，奉系张作霖则在加紧巩固皖系、奉系与国民党的三角同盟。曹锟就任总统之后，皖系的实力派卢永祥、张作霖和孙中山先后通电反对，并且号召讨伐。另一方面，直系内部的分裂也愈加明显。在直系当国之后，吴佩孚升任直、鲁、豫巡阅使，齐燮元也升任苏、皖、赣巡阅使，王承斌兼任直隶督军，彭寿莘帮办直隶军务，萧耀南升任两湖巡阅使。曹锟贿选时，首先表示反对的便是吴佩孚，而齐燮元则是持支持态度而倒向“保定派”。1924年第二次直奉战争已难以避免，吴佩孚为了瓦解皖、奉和国民党之间的三角同盟，派张之杰、何雯之携亲笔信到上海会晤卢永祥，更招致齐燮元不满。但就在此时，福建政府忽然发生动荡，皖系徐树铮悄然南下，联手许崇智和王永泉驱逐福建督军李厚基，吴佩孚急令鄂军孙传芳部南下援闽。孙传芳，字馨远，是山东历城（今济南）人，自幼家境贫寒，父亲早逝，其母遂带他们姐弟四人到济南谋生。1899年，义和团在山东兴起，武卫右军执法营务处王英楷娶孙传芳三姐为妾，孙传芳遂陪读于王家。1901年，袁世凯升任直隶总督，孙传芳随王家迁往保定。随后孙传芳被送入北洋陆军速成学堂，毕业后被保送入日本陆军士官学校第六期。回国后在北洋军第二镇任职，后以战功升任第六师团长。1917年1月，升任第二师第三旅旅长，同年10月升任第二十一混成旅旅长。1921年8月升任长江上游警备总司令。