自从基地修复完毕后，基地的控制权上，首席与零号一直都在博弈中。本来基地一直都藏身于海底，如果一直保持这样的运转方式，不会有人能够发现这个基地的。直到有一天，首席发现，基地与海龙号的双向传送阵，有了被激活的迹象，然后就出现了外来者，可惜这些外来者并不是妖精，这让首席非常的失望。而这些到来的外来者，就跟过来打劫一样，对基地进行了不少破坏，为此，首席在没办法的情况下，开启了安保措施，将来到这个基地的外来者，全部杀死。
可是这个事情根本没完，不时那个传送阵就传送来一批人，首席只能继续杀，直到外来者明白其中的危险后，传送阵才沉寂下来。可惜，就在首席忙着处理外来者的时候，让零号找到了机会，它悄悄给基地的系统添加了一道命令，于是基地每过一段时间，就会从海底深处往上浮去。首席想要删除这个命令，发现这条指令已经固化下来，除非让系统重启，可惜零号早先一步，把重启的指令也给取消了，因此，想要重启系统，只有关闭能源系统。已经与基地融合的首席，根本就没办法去关闭能源系统，而且就算关闭了能源系统，肯定也会让零号找到脱困的机会，所以，首席也没有别的选择，他只能再给系统添加别的指令，于是这个海兽号就开始在外海区域里随机自由潜行，每过一段时间，就从海底浮上来，然后就迅速沉下去。首席的目的，就是不想让人随便找到这个基地，而零号的目的，也很简单，就是希望有外来者入侵。经过多年的争斗，零号明白，凭借自己肯定没办法脱困，只能寄希望于外来者，只有打破平衡，才能逃出生天。