中共南方工委事件始于1940 年冬天。当时中共南昌市委被破获，狡猾的敌人以此为契机，设计了一个巨大的陷阱。
徐恩曾授意手下，在江西组织了多次秘密大搜捕，以切断中共江西地下党与其上级中共南方工委的所有联系。与此同时，江西的特务利用他们已掌握的密码同南方工委重新取得了联系。
江西台的特务们为了骗得南方工委的信任，故意编造了一些假情报作搪塞。南方工委的负责人对这些情报进行了分析，未找到什么破绽。
可正在形势对特务们非常有利时，江西的特务头子之间为如何展开下一步工作出现了重大分歧。以中统新任赣室主任章志仁（原主任冯琦已改任特工委主任）为一派，认为现在掌握的南方工委情报已不算少，在南方工委将信将疑之际应立即摧毁南方工委，否则夜长梦多，一旦南方工委发现事情有诈，到手的鱼必会脱钩而去。与此意见截然相左的，是以冯琦为首的“特工委”，这一派则认为现在对南方工委下手为时尚早，应该继续深入获得更有价值的情报。两派是公说公理、婆说婆理，互不相认，官司最后打到徐恩曾那里。