第二，主张“分时”与“分类”相结合。他指出：“西方作史，多分时代；中国则惟书志为贵，分析事类，不以时代封画：二者亦互为经纬也。”即以事类为经、朝代为纬，互相补充。他认为划分时代的作用，“斯在扬榷，大端令知古今进化之轨”；条其事类即“各为科目”的作用，在于“使一事之文野，一物之进退，皆可以比较得之”。他还从教学与研究两个方面指出了分时和分类的优长：“分时者适于学校教科”，“分类者为成学讨论作也”。[15]他提出的这个认识，在中国通史撰述的历史和理论上，均属首创，至今仍有现实的意义。
第三，认为对于史书体裁的变革要“能破”、“能立”，做到“以古经说为客体，新思想为主观”。章太炎认为，“史体变迁，亦各殊状”，其中应以反映思想进化为主。他指出：“所谓史学进化者，非谓其廓清尘翳而已，己既能破，亦将能立。”破与立主要不在外在形式，而在研究中贯彻自己的新见解，这就是他说的“以古经说为客体，新思想为主观”[16]。章太炎是赞成“新史学”的，但他的见解显然比梁启超《新史学》所提出的一些看法要深刻得多，包含着批判继承史学遗产的自觉意识。章太炎正是在这种理论指导下，提出了他关于《中国通史》的结构：一是《表》，记帝王、方舆、职官、师相、文儒；二是《典》，记制度；三是《记》，记重大事件始末；四是《考纪》；五是《别录》，记与政法、学术、种族、风教有关的人物。[17]这是由五种体例结合而成的一部综合体《中国通史》的框架。清初马骕《绎史》，已有此意，但他还局限于传统史学的藩篱之内；而章太炎的《中国通史》结构，却注入了“新思想为主观”的历史哲学，反映了中国史学走向近代的过程中在中国通史撰述构想上的新发展。