布鲁诺的这些举动触怒了教廷。宗教裁判所指控他为“异端”，将他革除教籍。但布鲁诺依然坚持自己的观点，毫不动摇。为了逃避审判，年轻的布鲁诺不得不逃出修道院，流浪在罗马、威尼斯等地。由于当时意大利为教廷控制，布鲁诺已经没有立足之地，所以他只能逃到国外，长期漂流在瑞士、法国、英国等国家。布鲁诺每到一处，就宣扬科学，给当地传统思想带来冲击。
1578年，他到达瑞士，由于在日内瓦激烈反对加尔文教派，结果遭到了当地政府的逮捕和监禁。两年后，布鲁诺获释，到法国南部重镇土鲁斯的一所大学任教。在一次学校的辩论会上，他因为发表了新奇大胆的言论，抨击传统看法，引起了该校一部分教授和学生的反对，他被迫离开了土鲁斯。后来，他来到了巴黎，在巴黎大学宣传唯物主义和新的天文学观点，遭到法国天主教和加尔文教的围攻。布鲁诺感觉自己在法国也没有容身之地，于是就逃往伦敦。
布鲁诺到了伦敦后，很快被英国著名学府牛津大学聘用，成为一名教师。在牛津大学任教期间，他坚持真理，坚持科学，给当地保守的学风注入新的活力。一次，牛津大学举行辩论会，布鲁诺为了捍卫哥白尼的太阳中心说，发表演说批判了被教会奉为神圣不可侵犯的托勒密地心说，同经院哲学家们展开了激烈的论战。这件事后，布鲁诺被禁止讲课。他无奈之下只得重新返回巴黎。第二年春天，巴黎最古老的著名学府索尔蓬纳大学组织了一次大规模的辩论会，布鲁诺参加了这场辩论会，并登台演说，再次阐述了自己的宇宙观，并对当时法国教会奉为绝对权威的亚里士多德和托勒密学说作了批评，结果再次被驱逐出法国。布鲁诺离开法国，去了德国、捷克讲学。但遭遇基本上大同小异，他屡遭挫折，屡受排挤，却仍然坚持传播、宣扬科学真理。