日本的朱子学、阳明学和汉籍和训　明代中国的儒学对日本影响最大的，当推朱子学、阳明学。
南宋传入日本的朱子学，在明代已在日本流行起来。许多日本学者和僧侣都积极推广朱子学的新注，在15世纪初出现了汉籍和训。汉籍和训是将汉文原著按照每个汉字的原意，标注日本假名，使汉文程度不高或不识汉文的日本人，也能领会内涵。早在平安时代汉籍和训虽已初见端倪，但其正式形成却始自歧阳方秀的《四书和训》，将近一个世纪后，到桂庵玄树使用桂庵标点才真正确立。歧阳方秀号不工道人，早年跟随梦岩祖庆，由禅入儒。1386年后从南禅寺的硕学高僧义堂周信专修程朱理学。后来成为东福寺的座府，在15世纪初开讲宋学，使用从中国运去的《四书集注》和《诗经蔡传》作为教本。他为了推广新注，运用土俗世话编写和训。此后五山禅僧宣扬儒学，都以歧阳方秀编集的和训为准。歧阳方秀的高足桂庵玄树，曾入明六年，向硕学名师请教朱子学。回国后在萨摩（鹿儿岛）开创桂树院，宣讲宋学。又在东福寺、建仁寺、南禅寺等处居住讲学，为发扬朱子学说做出重大贡献。1481年和1492年，桂庵玄树曾二次翻印《大学章句》，延德四年的第二次翻印本称“延德版大学”，是当前日本保存的宋学翻刻本中最早的本子，被定为日本国宝。桂庵玄树又积极改进和训，将早先的汉文直读变为适合初学者通读的汉文译读，在1501年刻印其所著的《家法和点》，1502年又刊布《和刻四书新注》，开创桂庵标点。汉籍和训从此开始定型化，从而有力地推动了汉文化在日本的普及。