学院创立初期，由于是在内战期间，许多学员常常是或缩短学习时间，或尚未来得及参加毕业考试就被派到了前线。
学院允许他们在战斗结束后，再回学校继续完成学习任务，通过考试毕业。这些学员绝大部分在战斗中作战英勇，指挥有方，深受广大官兵的好评。
没料到，这反而带来了一个副作用。战事完结后，各个部队都不愿意放他们回学校，称赞他们是不可替代的难得人才，都舍不得放走这些宝贝疙瘩。
面对这种意想不到的情况，共和国革命军事委员会只得做出决定，禁止各方面军随意截留那些具有丰富实战经验的学员。如确实需要，必须经过革命军事委员会的特别批准。
决定强调指出：“假如部队自上而下无限制地截留尚未毕业的学院学员，那将是目光短浅，因为这势必影响以后向作战部队输送受过完整军事学院训练的指挥人员。”直到20年代初，国内的白卫军大部被消灭，外国武装干涉也基本被击退，此时军事学院的学员才有条件坐下来，进行系统、正规的理论学习。
学员毕业后，实行全军统一分配。在校期间，学员一般要晋衔一级，晋职1～2级。毕业生下到部队后，职务不低于团参谋长，有指挥经验的可以直接担任团长。成绩优异并荣获金质奖章者可以在全军范围内任意挑选单位。