二是军队干预政治。“军人干政”是菲政坛屡见不鲜的现象，也是菲政治的显著特点。不论哪个总统上台，能否坐稳总统宝座很大程度上取决于军方态度。虽然阿基诺三世已多次强调军队不得干预政治，但只有与军队建立良好关系，才有可能避免“军人干政”，确保政权稳定。
三是贪污腐败盛行。腐败现象是菲律宾数十年来的瘤疾，可谓根深蒂固，反腐势必触及政府军警、名门望族以及社会各个层面的利益，须冒极大的政治甚至生命风险。当权者只有充分发挥聪明才智和统率艺术，团结一切可以团结的力量，才有可能把整治贪腐推向深入。
四是暴力恐怖猖獗。菲国内民族宗教矛盾尖锐，社会问题复杂，政治暴力猖獗，是恐怖活动和极端暴力事件的“重灾区”，盘踞在菲南部地区的摩洛伊斯兰解放阵线、阿布沙耶夫反政府武装，频繁开展叛乱活动，不断制造爆炸、绑架等暴力事件，政府短时间内解决这些问题的难度极大。