战争爆发后，文弱的惠帝根本不是久经沙场的朱棣的对手。从建文元年（1399年）七月至建文四年（1402年）六月，“靖难之役”历时3年，以燕王朱棣的取胜而告终，而惠帝在朱棣攻陷京师后就不知所踪了。这一年，43岁的朱棣在群臣的拥戴下称帝，即明成祖，次年改元永乐。
恩威并施永乐盛世
朱棣用武力夺了侄子的皇位，名不正言不顺，自然就遭到了许多大臣的反对。而明王朝经过几年的内战，局势动荡，社会很不安定。朱棣称帝后，为了稳固统治，就采取了镇压和怀柔并用的手法。
朱棣首先对惠帝的旧臣展开了诛杀，而首当其冲的就是惠帝的心腹大臣齐泰和黄子澄。朱棣杀了这二人，并夷灭全族。其他旧臣也有50多人陆续被捕，稍有不服，就被处死，甚至被诛灭三族。朱棣对这些人不仅是杀戮，而且是虐杀。大臣们有的被敲掉牙齿，有的被割掉舌头，还有的被砍断手足，其中黄子澄就是先被砍去了双手，然后再杀死的。而兵部尚书铁铉，在“靖难之役”时曾打败过朱棣，他被捕后的反抗最为坚决。朱棣将其寸磔于市，就是将肢体碎解，这是历史上极少使用的酷刑。