大学要探索真理，其最为基本的保障条件就是学术自由。国家要确保大学享有自由开展科学研究和教学活动的权利，而不必受党派政治的控制，也不必受任何通过政治、哲学或者宗教意识形态所传达的高压的控制。雅斯贝尔斯发现，学术自由作为一种理想，是需要人们细心呵护的，它不是一笔财产，可以被一劳永逸地占有和享受。实际上，接受公职的教授们一直就承受着过多的不信任。人们甚至认为，自苏格拉底以来，极少有哲学家会认为有必要保持彻底的独立，拒绝无论何种形式的补助。雅斯贝尔斯则主张，无论在什么地方，一旦有人将自己的个人存在与学术融为一体，学术自由就会证明自己的价值，他们将变成一个时代的代表性精神。
大学的自由问题，古今以来争辩不清，足见其内涵之丰富。我们认为，学术自由的外在表现是大学的自治，而内在表现则是大学之内的思想的自由。所谓的思想自由，是“公民凭借自我独立思考而产生理论、学说、观点、信仰、主张等抽象思维结论的自由。”①这正如布鲁贝克所指出的，“任何用学术思维的自由做交易的行为都是对大学自治权的剥夺。”①著名学者莫伯累(W.Moberley)也乐意将大学视为“学者王国”,他曾言大学是研究高深学问的场所，在知识问题上就应该让专家单独解决这一领域中的问题，他们应该是一个自治团体。②这就要求社会能够充分尊重学术自治团体的地位，要保持其合法地位，任何机构都无权剥夺这种自治团体的决策权利。学术自由的思想在实践中也得到了一定的支持，最为典型的就是美国大学教授协会(AAUP),这就使得学者拥有较为充分的力量来保护大学里的学术自治和学术自由。